നൂറ്റാണ്ടുകളായി ഇന്ത്യൻ സുഗന്ധവ്യഞ്ജന വ്യാപനത്തിന്റെ കേന്ദ്രമായിരുന്നു കൊച്ചി, അതിനാൽ യവനർ (ഗ്രീക്കുകാർ, റോമാക്കാർ) യഹൂദന്മാർക്കും സിറിയക്കാർക്കും അറബികൾക്കും ചൈനക്കാർക്കും ഇടയിൽ പുരാതന കാലം മുതൽ കൊച്ചി അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു .1341ൽ കൊടുങ്ങല്ലൂരിലുണ്ടായ പെരിയാർ വെള്ളപ്പൊക്കത്തിൽ മുസിരിസ് തുറമുഖം നശിക്കുകയും പിന്നീട് വാണിജ്യകേന്ദ്രം എന്ന നിലയിലേക്ക് കൊച്ചി ഖ്യാതി നേടുകയും ചെയ്തു.പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടിൽ കൊച്ചി സന്ദർശിക്കുന്ന കാലഘട്ടത്തിൽ, ചൈനീസ് ഗായകൻ മാ ഹുവാൻ എഴുതിയ പുസ്തകങ്ങളിൽ കൊച്ചിയുടെ പഴക്കത്തെക്കുറിച്ചുള്ള രേഖകളുണ്ട്.1440 ൽ കൊച്ചി സന്ദർശിച്ച ഇറ്റാലിയൻ യാത്രക്കാരനായ നിക്കോളോ ഡാ കോണ്ടി എഴുതിയ രേഖകളിലും കൊച്ചിയുണ്ട് . പല ചരിത്രകാരന്മാരുടെയും അഭിപ്രായത്തിൽ, ചേര സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ പതനത്തിനു ശേഷം പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ആരംഭത്തിൽ കൊച്ചി രാജവംശത്തിന് മുൻഗാമിയുണ്ടായി. രാജ്യത്തിന്റെ ഭരണ പാരമ്പര്യവും, പ്രദേശം ഭരിച്ചിരുന്ന കുടുംബവും തദ്ദേശീയ നാടകത്തിലെ പെരുമ്പടപ്പ് ഭരണാധികാരികൾ എന്നറിയപ്പെട്ടു. 18-ആം നൂറ്റാണ്ടു മുതൽ പ്രധാന രാജ്യം കൊച്ചി രാജഭരണത്തിന്റെ തലസ്ഥാനമായി തുടർന്നു.നിലവിൽ കൊച്ചി നഗരവും അടുത്തുള്ള പ്രദേശങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളുന്ന മേഖലയിൽ കൊച്ചി രാജാവ് മാത്രമേ അധികാരമുള്ളൂ.
പോർച്ചുഗീസ് നാവികനായ പെഡ്രോ അൽവ്രെസ് കബാൽ 1500 ൽ കൊച്ചിയിൽ ആദ്യമായി യൂറോപ്യൻ കുടിയേറ്റം സ്ഥാപിച്ചു.1503 മുതൽ 1663 വരെ ഫോർട്ട് കൊച്ചി കോട്ടയുടെ ഭരണം പോർച്ചുഗലായിരുന്നു.പോർച്ചുഗീസ് ഇന്ത്യയിൽ വിചാരണ സജീവമായിരുന്നതിനാൽ ഈ പോർച്ചുഗീസ് കാലം വിശുദ്ധ തോമസ് ക്രിസ്ത്യാനികൾക്കും ജൂതന്മാർക്കും ഏറെ പീഡനകാലമായിരുന്നു.കൊച്ചിയിലെ വിശുദ്ധ ഫ്രാൻസിസ് പള്ളിയിൽ സംസ്കരിക്കപ്പെട്ട യൂറോപ്യൻ പര്യവേഷകനായ വാസ്കോ ഡ ഗാമയുടെ ശവകുടീരം 1539 ൽ പോർച്ചുഗലിലേക്ക് തിരിച്ചുവരുന്നതുവരെ കൊച്ചിയിൽ ആതിഥേയത്വം വഹിച്ചു.പോർട്ടുഗീസ് ഭരണത്തിനു ശേഷം കൊച്ചി പിടിച്ചടക്കുന്നതിന് കോഴിക്കോട് സാമൂതിരിയോട് സഖ്യം ചേർന്നിരുന്നു ഡച്ചുകാർ.1773 ആയപ്പോൾ മൈസൂരിലെ ഭരണാധികാരി ഹൈദർ അലിയും മലബാർ പ്രദേശത്ത് കീഴടക്കി,കൊച്ചി അങനെ മൈസൂരിന്റെ കൈവഴി ആവാൻ നിര്ബന്ധിതതമായി.